里帝国之父是不是个程序?
当然是
帝国之父也就是设计师就是机器大帝的人形体现
Neo去机器城找的就是他
还有先知也是程序
《黑客帝国》中尼欧到底是人类还是电脑程式
尼奥一部分是人，一部分是电脑程式。程序在人的身体上运行。救世主传代码是为了母体获得升级信息，不是要毁灭锡安。锡安留给机器乌贼毁灭即可。导演的意图是说锡安是真实的。不断毁灭和重建锡安的过程是系统维持运行稳定的手段，系统里的特工也都是工具。母体的进化是指矩阵里的程序会在与人类相处的生活中学习人类的情感等，所以程序和人的区别越来越小，但系统为了平衡又不得不不断删除这些升级程序，这就很没意义。而且不断履行毁灭和重建锡安的程序在逻辑上也是无意义的，所以先知冒险令尼奥这个救世主不同，让他被爱驱使以交易的形势保住了锡安，而她自己也着手教育程序流亡者——小女孩，她希望未来能改变，人类和机器能和平相处。因为只有这样双方才都能发展。
尼奥的脑中有无线连网设备，所以他能“看见、控制”现实中的机器设备，但并非说那个现实不现实。尼奥在瞎了后不是也看不见自己的飞船和其他景物吗？
你觉得《黑客帝国》中的先知是人还是程序？
先知是一个很特别的程序。
要理解这个程序的行事逻辑，那就得分析清楚整个《黑客帝国》系列到底讲了一个怎样的故事。在这篇文章里，我连推理带猜测地把整个故事的前因后果推演了一遍，试图给出一个《黑客帝国》系列逻辑自洽的故事线。以下的分析大部分基于影片中各种明确给出的线索，也有部分是略开脑洞补完的。看完以下这个情节分析，大概也就能理解先知是什么以及她要干什么了——
《黑客帝国》：先知奇谋
故事的开头，人类和机器/人工智能展开一场末日对决。人类很快溃败。那时候的机器是依赖于太阳能的，于是人类设法用覆盖整个地球的黑云屏蔽了阳光，试图以此阻止机器。结果却丝毫也没有起到作用，人类完败。
照理说，这时候机器完全有能力彻底灭绝人类，但奇怪的是它们没有这么做。人类没有灭亡，而是被做成生物能电池，成了机器的能量来源。
可疑的电池
如果从硬科幻的角度去较真的话，机器从人类身上获取能源显然不太合理。先把包含热量（能量）的营养物质让人类吃下去，人类依靠这些能量维生，然后其中显然只有极小的一部分转化为生物电能。兜了这么一大圈，机器就靠着最后转化出来的一丁点儿生物电存活。
这在能源转化率上，实在是太低效了。即便是依靠现实世界中当前的人类科技，也有太多高效无数倍的方法将食物中的能量更直接地转化为电能。更别说在影片里那种程度的高科技设定下，机器有太多更有效的方法来获取能量。
所以说，机器从人类身上获取能源只是个幌子。或者说，人类的确在做机器的电池，但这显然不是机器真正的目的。
圈养人类的目的
机器没有灭绝人类，可能是出于别的理由。
其中一个原因可能是，一开始机器就不是完全冷血，它们本来就不希望人类灭绝，但同时也不想再想受人类威胁。这样一来，要与人类共处，最好的解决方案就是囚禁人类的身体，然后用一个虚拟世界来控制他们的精神，这个虚拟世界，就是后来的那个“母体”、“矩阵”Matrix。而把人类作为生物电池，就只是副产品。甚至很有可能“人类是电池”这个说法只是后来那些觉醒的人类的猜测而已，囚禁人类身体的那个容器根本就不是电池，而只是一个纯粹的维生+虚拟世界接入设备。
而另一个原因，可能是机器一直以来都希望研究人类以改善它们自己，这一点，从“先知”这个程序存在的目的上看出来（没错，“先知”不是人类，而是一个程序，后面详说）。同样，出于消除人类威胁的考虑，将人类的意识接入虚拟世界供机器观察研究的同时，必须把人类以某种方式囚禁起来。
于是，不论是出自哪个原因（总之应该不是“当电池”那么简单），“维生设备+Matrix”这个软硬合一“人类圈养系统”就这样诞生了。从此，所有人类的身体都放置于维生设备里，而他们的精神都活在Matrix中。而大部分人都没有意识到自己感受到的一切，只是Matrix朝大脑发出的一系列神经刺激信号而已。
黑客帝国系列中既然尼奥是矩阵编写的程序那为什么不告诉特工史密斯尼奥是“可信任程序”，不要删除，
矩阵编写程序的唯一原则就是“平衡”，所以才有尼奥和特工的势均力敌。而且即使尼奥被删除，矩阵仍有后手继续“平衡”，但矩阵没有把“爱情”算在平衡的公式里，或者无法把“爱情”算在工式里，导致尼奥因为爱情重新复活了。这时矩阵的平衡工作出现危机，复活后尼奥杀死了特工，特工得到了尼奥的代码，特工的目的是毁灭一切，这时候矩阵的平衡工作不仅失效自身也受到了威胁。对于尼奥一方，特工的目的成了尼奥与矩阵谈判的唯一砝码，所以尼奥被矩阵重新改造，帮助矩阵用同归于尽的方式杀死特工，矩阵则不在毁灭锡安。也就是说矩阵并不是万能的，也有他控制不了的情况，而且有过好像是4次控制不了，只不过那时候控制不了，他就重新编写程序，自身不受威胁，和这一次不太一样。
看完黑客帝国很久了，最近再看感觉又是深一点认识。有一个大大的疑问，就是锡安也是主机的程序么？
第一种说法锡安是梅曲克斯之外的真实世界仅存的唯一一个人类聚集地，是人类反抗军和机器作战的中心区、指挥部（这么像终结者。。），另一种说法锡安只不过是“梅曲克斯2.0”，也是个虚拟的世界，是用来采集那些不能安分守己的被控人类的思想及生活数据，用来完善梅曲克斯系统，让虚拟世界更加真实，也就是说电影中人类奋战到最后仍旧是在虚拟的世界中做梦。
黑客帝国这个电影很完美，可以说毫无漏洞，官方对剧情中的伏笔和要点至今仍没有解读，也就是说是全自由的，没有标准答案，我个人更倾向第二种说法，因为尼奥在所谓的真实世界中曾经用单手集中精神力挡住过机械乌贼，这一点很明显说明了这个有锡安存在的“真实世界”发生的事并不是符合客观事实的，人再怎么集中精神也不可能凭空在物理上阻挡其他物体，但是在虚拟环境中做到这种事简直易如反掌（参考电脑游戏。。。），所以我认为锡安也是虚拟的，“真实世界”只是另一个梅曲克斯，墨菲斯之类的可能还躺在某个发电厂发电，只不过他们这些人跳出了梅曲克斯的第一层虚拟世界，紧接着又掉入了另一个更加复杂更加严谨的第二层虚拟世界，只有这样，搭载救世主程序的尼奥才能激活特权得以在“真实世界”使用精神力攻击和防御，使用精神力在瞎了眼睛的情况下看到被史密斯占用的贝恩的代码轮廓，这种事在现实世界中怎么可能出现，所以，我还是觉得，锡安，是虚拟的。
自己的回答，如果还有问题我接着补充
关于黑客帝国母体之父设计师的一个问题：
简单说来，设计师和先知都是程序……人工智能发展到了电影里的程度已经完全可能开发程序。zion差不多要经历一两代人才被毁一次，设计师要是人类怎么会目睹那么多次的毁灭与重生。先知在第二部里貌似解释过，她就是一个直觉性程序，正好与设计师相反。设计师因为一切都是可以被平衡的方程式所以当出现zion这一变量时就必须予以平衡以确保等式成立。就连neo救世主本身也是方程中的一个硬要等式平衡所出现的结果，先知的作用就是搅乱设计师所谓“完美”的等式。