黑客帝国 为什么尼奥（主角）是救世主，救世主的作用是什么？高手进
首先说《黑客帝国》系列电影确实十分经典，个人比较喜欢。
现在回答楼主问题，电影里设定的背景十分完美，首先楼主要明白一个道理，救世主是为母体服务的，那母体又是为谁服务的？不用怀疑，母体是为人类服务的，只是服务的方法有点那个啦，没有人的存在，母体就没有存在的价值。那救世主为什么存在？又怎样服务呢？很显然，母体不能完全控制人类，有一部分人类会摆脱母体的控制而苏醒过来，进而与母体争夺世界的控制权，（或者说是母体让这一部分人苏醒过来的，为了让他们明白一些道理），这时当然要一个BUG的存在来进行双方的制约或者说为双方达成一个共处的协议，这就是救世主存在的意义。
要说救世主是母体编写的程序是不对的，应该说是拥有人类完整意识的程序（但是完全属于人），这样的BUG不能太多，所以就尼奥特殊啰，他不是为了对抗苏醒的人，而是要成为这些人的一份子，去影响他们，让他与他们在同母体的斗争中知道“母体不能缺少人，人也不能缺少母体”这个道理，从而在他的带领下人们相信他，而他相信母体，这样人类与母体就有了一段时间的和平，就这样反复着，人类不断的反思他们的世界观，当有一天人类真正的明白了他们要如何去爱护世间的一切，明白了什么才是人比电脑真正强大（我觉得应该是人类的大爱）的所在，那时母体才会与人类一起完善世界。
先知，我觉得先知就是母体为自己创造的一个拥有人类意识（但完全属于程序）的另一个可以得到人类信任，指引救世主向我上面说的那样去影响人类的BUG，可以说先知是一个很无敌的设定，有点像程序里的超级间谍（但先知是母体建立的），我觉得可以说先知是母体在影响人类方面的一个大胆尝试，换句话说“先知就像是为了人民而化装成叛军的国王”一方面与叛军和睦相处，为了人类的未来去引导救世主，一方面又不能在虚拟世界里被程序清理员发现其真实身份，可谓用心良苦啊。
大家觉得我们是生活在现实世界呢？还是，母体创造的虚拟世界呢？
纯手打，个人见解，大家觉得好就顶个O(∩_∩)O~
黑客帝国4讲的是什么故事
看完黑客帝国4，第一感受的确不是很好，但还是会有一种意犹未尽的感觉。
毕竟和前3部的上映已经间隔了太长时间，剧情的衔接难免会有一些断层。这篇文章的回答主要分为2个部分：
1、黑客帝国4剧情主线解析梳理；
2、黑4中部分剧情问题解析；
（1）矩阵还存在吗？为什么矩阵还会继续存在？机器反悔了？
（2）年轻版的墨菲斯从哪来的？
（3）为什么矩阵中的场景会实时反映在尼奥制作的游戏中？
（4）为什么一直找不到尼奥，花了60年？
（5）为什么史密斯可以无视分析师的时间静止能力？
（6）为什么许多程序没在版本迭代中被清理掉？
（7）为什么尼奥很年轻？
引言：黑客帝国的本质就不是商业片，而是包裹了一层商业皮的文艺电影。它的科幻感更多是一种包装，来为沃卓斯基姐妹的世界观保驾护航。
时隔20年的重启，这20年间信息技术发生了革命性的变化，而人类社会因此而生出更多的选择和想法，也与1999年完全不同。这种变化改变了导演，而她真实的想法在这一部中自由地体现了出来。人类靠爱来维系，靠理解来发展进步。一成不变，守旧封建的思想禁锢向前的脚步，所以过去的Zion只能成为历史，执着于曾经传说的墨菲斯也终究成为了过去。
黑客帝国的核心元素从来就不应该是墨镜和黑风衣，还有炫酷的动作设计，这些是附加的漂亮外衣，它内体，如同被粘稠的培养液浸泡着的漂亮躯体，以及所有awake people，他们的选择。从来没有选择，所有的选择都是你以为你有选择，而你早就已经做出了选择，而你需要做的是理解你的选择。这种使命感和归宿感在这一部更为明显得表现出来。崔妮蒂一定会选择相信尼奥，尼奥一定会选择拯救唤醒崔妮蒂。
在影片的中后段，大反派“分析师”（the analyst）终于说出系统复活尼奥与崔妮蒂的目的——用爱发电。两人当年的行动多么轰轰烈烈，对系统造成了不小的伤害，但系统可以反过来利用这种能量。他们把尼奥和崔妮蒂（蒂芙尼）设计成互相倾慕而不可得的关系，让两人之间“爱”的能量永远处于满值却又不溢出（对系统造成危险）的状态、做矩阵的情感劳工——两人如同视频网站上做夸张反应的up主或为女主播刷火箭的观众，连结似有若无，不断生产并维持着能量供系统去驱使利用。
人类和机械，究竟差距在哪呢？人类的智慧创造出了机械，催生出来了人工智能，甚至能够让机器学会思考。机械能够在物理意义上远超过人类，一旦其不再为人类而服务，人类将陷于低生活被反过来奴役的境地，能够拿出来与之决斗的砝码，便只有情感、信仰、希望。这是人类区别于机械的最高级的存在。机械不会有感情，不会相信奇迹，不会有希望，不会有强大的意志力，100%的理性，而进步的变革需要不理智的火花去点燃进程。
1、黑客帝国4剧情主线解析梳理：
首先我们回顾一下黑3的剧情，在黑3中，机器大军最终定位了人类最后的城市“Zion”，并派遣机器大军攻城，具备“自由意志”的人类(Human)与机械大军（the Machine）在锡安（Zion）发生激烈战争。
由于战力相差悬殊，眼看人类就要灭族，救世主尼奥（the One）以彻底清除史密斯变异病毒为条件，要求机器大军撤军，与人类维持和平。尼奥自认为最终与机械达成共识，在母体内部与史密斯发生激烈战斗。
最终尼奥选择了自我牺牲，清除了病毒史密斯，同时，机器大军撤军，锡安得以保留，矩阵承诺带给所有人真相（主要指仍然在矩阵中的未觉醒的人类），母体迎来了耀眼的日出。（注意，在这个过程中，尼奥的爱人崔妮蒂也阵亡了。）
黑4的剧情发生在黑3事件60年之后，时间来到23世纪下半。
黑4开头，还是熟悉的音乐，熟悉的配方
这里很明显是在致敬黑1，崔妮蒂和墨菲斯说过同样的话“You were right”,画面也似曾相识
影片开始，一个黑夜，一名黑衣人像崔妮蒂一样被追杀。
不同的是，更多的黑衣人出现，最终抓住了假崔妮蒂，引来了巴戈斯（Bugs）。（没错，他的名字就叫BUGS，不言而喻。）
一群黑衣特工对巴格斯紧追不舍，
巴格斯逃到一个布满钥匙的房间，这里也是暗示这个房间会有些奇怪的后门。
果然，关键时刻，神秘黑衣特工开后门解救了巴格斯。
这里又是一大段对白以及截图，从这里我们能了解到非常多事。
墨菲斯没死，变成了程序得以保存，而且还通过某种方式覆盖到一个特工程序身上，导致一个特工叛变，这个叛变特工名字叫史密斯。
请点击输入图片描述
（这个黑人小哥亲口承认自己是墨菲斯，再次开始寻找尼奥，外形更加年轻强壮，但是和墨菲斯有几分相似，可以猜测就是年轻状态的墨菲斯，请忽略战五渣翻译）
请点击输入图片描述
可以对比下，外形确实很相似。
（2）尼奥没死
请点击输入图片描述
巴格斯第一眼看到的外形其实并不是尼奥，而是另一个人，暗示尼奥的外形发生了变化，应该是被重新编程了，但是巴格斯说他擅长监听，虽然尼奥此时没有觉醒，仍然受到了救世主的影响发生觉醒。
黑衣特工在巴格斯的劝说下，吃下红色药丸，成为墨菲斯，肉体以拟态的方式存在于现实中。
请点击输入图片描述
最后两人开启水面通道，成功摆脱特工追杀。
请点击输入图片描述
镜头切换，一个长相酷似尼奥的人（姑且继续称他是安德森）在做游戏开发，（似乎还是个VR游戏。）
请点击输入图片描述
请点击输入图片描述
可以看到他开发的游戏就是黑客帝国，而且还得了很多奖，游戏最早发布时间就是1999年。
请点击输入图片描述
请点击输入图片描述
这时游戏系统忽然出现了BUG,出现BUG的地点刚好就是刚才巴格斯救墨菲斯的地方。这里我们很容易联想到刚才发生的一切是不是只是游戏场景。
之后安德森和同事裘德一起喝咖啡闲聊（这人叫JUDE,和犹大同名，暗示不是啥好货），碰到一个酷似崔妮蒂的人上前搭讪，得知对方叫蒂芙尼，已婚带俩娃，老公叫查得。
请点击输入图片描述
聊完回办公室发现，刚才出BUG的模块消失且被清理。
请点击输入图片描述
之后安德森被老板叫去办公室，聊到第一次见面有种被FBI审讯的感觉，加上闪回，可以推断这个老板就是史密斯。
请点击输入图片描述
这里还同时调侃拍黑4就是因为市场难做，为了骗钱，不管有没有之前的演员都非拍不可- -
请点击输入图片描述
聊完安德森觉得又分不清现实和虚拟世界的边界了，于是去找心理咨询。（这心理咨询师的眼镜都是蓝色的，和蓝色药丸颜色一致，暗示心理咨询师是矩阵系统的组成部分）
请点击输入图片描述
心理咨询师给安德森开了一大瓶蓝色小药丸，嘱咐药不能停。安德森吃了药之后就开始继续无聊的游戏开发生活。
请点击输入图片描述
请点击输入图片描述
这句话的大概意思是“埋葬现实比处置梦想要简单的多”
随着游戏开发的深入，安德森对世界越发感到怀疑，开始停药，同时在咖啡馆多次偶遇蒂芙尼。
请点击输入图片描述
大楼偶发事故，让安德森碰到了墨菲斯，安德森对墨菲斯的长相大为震惊，因为和他游戏里编辑的人物长相完全一致。
请点击输入图片描述
大量警察到来，打断了他们的谈话，火拼在所难免。
请点击输入图片描述
换皮史密斯出现，带着标志性动作成功追杀安德森，安德森被系统重置，安插了一段其他的记忆。
请点击输入图片描述
安德森大脑彻底被搞残，在准备尝试飞行（跳楼）之前被赶来的巴格斯救下。
请点击输入图片描述
终于成功救出安德森，安德森再次成为尼奥。
请点击输入图片描述
苏醒后的尼奥发现崔妮蒂没死，而且就在他的培养皿旁边。
请点击输入图片描述
巴格斯带着尼奥回到人类城市IO，见到了老朋友奈奥比
请点击输入图片描述
奈奥比告诉尼奥，黑3之后，大量人类觉醒，机器能源不足，部分机器人觉醒自由意识，内部发生战争。
请点击输入图片描述
同时，墨菲斯高票当选理事会主席，拒绝和机器人建立任何合作，一部分人类认识到仅仅依靠现存力量永远无法打败机器，所以离开了ZION，重新建立了新的城市IO。
请点击输入图片描述
尼奥恳求奈奥比帮助营救崔妮蒂遭到拒绝，于是偷偷和巴格斯联系准备自己去救。
请点击输入图片描述
再次进入矩阵的尼奥刚走两步就遇到了换皮史密斯
请点击输入图片描述
通过对话得知，尼奥的心理医生就是新任矩阵管理员，而史密斯还是想伺机报复矩阵
请点击输入图片描述
史密斯找来一群老熟人，冲突在所难免。这个老熟人就是黑3中搞色情派对的古老程序法国佬
请点击输入图片描述
只不过这货现在衣衫褴褛，似乎穿着他的下属火车人的衣服，或许也就是通过这种方式躲过了系统的清除？
请点击输入图片描述
尼奥一个气功波让史密斯领了便当，其他喽啰应声而退。
终于，尼奥找到了崔妮蒂，但是分析师也同时赶到。
请点击输入图片描述
现在的矩阵有了更可怕的控制力，可以让时间短暂倒退以及静止。
原来当年在尼奥消灭了史密斯之后，矩阵为了研究尼奥和崔妮蒂，治疗好了崔妮蒂和尼奥的伤势，并进行各种折磨。
请点击输入图片描述
请点击输入图片描述
后来发现，只有将两个人放在一起，但是又不能相认，这样周而复始就催生欲望和恐惧，这就是人类的本性，就是现实世界最本质的特点，引入这样的机制甚至能推动矩阵完美运行。
请点击输入图片描述
这里还能看到，这个分析师已经不是之前的分析师了。前任被他推翻并干掉了。
请点击输入图片描述
并且这个分析师喜欢使用“集群模式”来维护矩阵稳定，集群和特工是同时存在的，可以看到，集群就是非常多的机器人角色，可以理解为矩阵中的披着人皮的AI,这种人战斗力虽然不强，但是人数众多。
请点击输入图片描述
通过这样的方式促使矩阵完美的运行了很多年，发电量比之前还要高出很多，在培养皿中的人类几乎都不怎么捣乱了，用分析师的说法就是“比猪都快乐”
请点击输入图片描述
简而言之，尼奥和崔妮蒂两个人在一起才能更好的发电并控制人类，如果尼奥不乖乖自己回培养皿，分析师就杀掉崔妮蒂。
请点击输入图片描述
尼奥只能先乖乖的先撤回IO。这时，机器盟友找到了尼奥。
请点击输入图片描述
原来，机器盟友的首领就是先知和上一任总工程师的女儿，她的父母都被现任分析师杀掉了，所以和现任分析师结下了梁子。于是她提出了营救计划，协助一起营救崔妮蒂。
请点击输入图片描述
尼奥再次回到矩阵，恢复了崔妮蒂的记忆。分析师使用时间静止能力打算杀掉所有人
请点击输入图片描述
关键时刻史密斯来找分析师寻仇，一顿操作猛如虎打残了分析师，崔妮蒂成功被救走。
请点击输入图片描述
逃跑的路上遇到大量集群，关键时刻崔妮蒂觉醒了飞行能力救出所有人，全片结束
2、黑4中部分剧情和前作的关联，以及问题解析；
（1）矩阵还存在吗？为什么机器人反悔？
还存在，但已经不是之前的矩阵了。很明显总工程师承诺给人类自由，停止战争，导致机器世界资源紧缺，一部分人心生不满，篡位夺权引发战争，总工程师被杀，矩阵再次运行，而且发电量更大，控制了更多的人类。但是机器世界也发生了分裂，一部分机器和人类结盟。
（2）年轻版的墨菲斯从哪来的？
通过墨菲斯和巴格斯的对话可得知，矩阵应该是通过某种方式保存了老墨菲斯的部分意识，通过清洗利用改造成了特工（矩阵经常干这种事，所以这个猜测很合理），结果很墨菲斯自然觉醒，开始继续一边假扮特工一边寻找尼奥。
（3）为什么矩阵中的场景会实时反映在尼奥制作的游戏中？
我们可以看到，影片开头巴格斯救墨菲斯的地方，和黑客帝国游戏出BUG的地方是一致的。
请点击输入图片描述
请点击输入图片描述
而尼奥第一次见墨菲斯的时候大为震惊，因为和他游戏中的角色形象完全一致，这就代表游戏中发生的事情很可能在现实中也发生过。
其实是巴格斯黑了安德森的系统，将这段剧情加入到了安德森的游戏里面，用来告诉安德森实际已经发生的事情。
（4）为什么一直找不到尼奥，花了60年？
因为尼奥在黑客帝国里的映射形象一直在发生变化，包括容貌声音等等，而且这种变化是彻底的，周围人自然的态度会帮助映衬这种变化，所以导致人类很难准确定位尼奥。
（5）为什么史密斯可以无视分析师的时间静止能力？
这里史密斯自己的解释是：“一但尼奥离开了矩阵，我就自由了。”我的理解是史密斯和尼奥类似于杀毒软件和病毒的关系，而且都版本更新很多代，一但尼奥不受矩阵控制，史密斯就可以绕过任何防御程序对其他程序进行感染。
（6）为什么很多程序没有在版本迭代中被清理掉？
首先不要小瞧矩阵的自我净化能力，先知和总工程师这样的人物都可以被清理。
其次，要对机器世界有深刻的理解，机器世界已经进化到每个机器也有自由的思想和意识，每个机器的想法并不都是一样的。
另外，有些程序没有被清理不是系统不想清理，而是很难清理，参考史密斯，可以随便换皮，程序太多了，系统很难定位
最后，有些程序不清理是因为核心代码有用，比如墨菲斯，可以当特工，程序重新写一下就能用。
（7）为什么尼奥很年轻？
因为时间流逝在矩阵里和现实中是不一样的，身体一直泡在那个新发明的培养仓中可以活的更长久。
骇客帝国1中尼奥为什么死了又复活了
因为按照电影的剧情，他是救世主，他人生的最终目的是拯救整个锡安，所以是不会死的，也就是说他可以选择自己的命运，是生是死自己决定，当你看到第三部时就知道了。
黑客帝国2里崔尼蒂不是死了吗
尼奥使用自己在虚拟世界里面的神奇力量将崔尼蒂复活，即利用代码里面的漏洞消除了子弹对崔尼蒂的伤害，使之复活。但是由于这次对虚拟世界代码的篡改，导致代码的混乱，尼奥自己陷入了一个困局——也就是第三集里面一开始时尼奥的意识无法苏醒，而是处在虚拟世界里面的一个孤立环境中。直到崔尼蒂再次将他救出才恢复正常。
《黑客帝国》系列故事梗概
托马斯·安德森表面上是个朝九晚五的电脑工程师，私下却是个高超的黑客-电脑黑客尼奥（Neo），他一直过着平常的生活，直到和神秘人物莫菲斯（Morpheus）、崔妮蒂（Trinity）等联系，一切都变得不同。莫菲斯等人把他带到真实的世界，令尼奥明白到他所认识的世界是电脑程序所创造的虚拟世界。它是机械世界的矩阵（matrix）为培养人类作为能量来源所创造的，程序模拟1999年的人类世界（现实世界其实已踏入2199年），矩阵透过内建的各种程序，借由和人体大脑神经联结的连接器，使视觉、听觉、嗅觉、味觉、触觉、心理（六根）等讯号传递到人类大脑时都仿佛是真实的，甚至在“死亡”时真身也会因为逼真的感受而死。创造这个趋近真实的梦境世界，目的在欺骗被机器囚禁的人类，令他们以为自己是真正的“活着”并能繁衍下去，而死后的人体则被拿来提取能源以继续供应矩阵。莫菲斯等人是较早被解放而得以脱离矩阵的一群。他信奉在矩阵中可预知未来的先知（Oracle），先知曾指莫菲斯将在有生之年找到救世主，而前代救世主死前，她也曾经预言他会再次来到人间拯救所有被机器所囚的人类。莫菲斯于是拼命寻找救世主。当联络到尼奥后，他预感尼奥就是转世的救世主（尼奥其实是第六代救世主）。但尼奥却对此身份有所怀疑。
来到真实世界后，尼奥通过与莫菲斯的电脑程序训练，发现只要有信念，能坚定的相信在电脑程序中的一切都不是真的，进入到矩阵中即可将各种模拟真实世界的物理现象如万有引力、摩擦力等扭曲、甚至破坏。在矩阵中可做出各种违背物理定律的事，例如：一拳把人打飞至十多米远、跳跃至半空停留七、八秒才落地等。
尼奥经过一番训练后，和莫菲斯等人再次透过连接器进入矩阵拜访先知，他们返回真实世界的途中，矩阵派出多个以史密斯（Agent Smith）为首的特工程序追杀。特工程序虽有人类的外表却不是真正人类，而是极善于扭曲矩阵中的物理现象、专门用来追捕目标的程序，并非人类所能匹敌的。而矩阵虽然是虚拟世界，但除非你已能纯熟界定自己是处于虚拟之中而不被其所惑，否则在当中被杀的人类于真实世界中亦难逃一死。莫菲斯知道尼奥还不相信这一切是虚拟的，为了保护尼奥而落入了特工程序之手。
尼奥等人发现原来他们一行人中的塞弗（Cypher）出卖了他们的情报予特工程序，导致莫菲斯被捕。塞弗回到真实世界后，将仍在矩阵的队友逐一杀死，但在准备杀死尼奥时，被另一队友坦克（Tank）所杀。坦克之后成功唤回尼奥和崔妮蒂，但莫菲斯却因无法唤回而持续和矩阵连线中。
为了唤回莫菲斯，尼奥等人商议后，决定和崔妮蒂再次连线进入矩阵。经过激烈的搏斗之后，他们终于成功救出莫菲斯。虽然莫菲斯和崔妮蒂成功回到真实世界，尼奥却在矩阵中被特工程序击毙呈现弥留状态，此时真实世界中的崔妮蒂紧依著尼奥和他对话并深深的吻了他，感受到真实世界的深情之后尼奥仿佛顿悟一般地复活了！复活后的尼奥对自己“救世主”的身份已无丝毫怀疑，明白到自己可以重写矩阵内程序的能力。他马上入侵了其中一个特工程序——史密斯，令史密斯烟消云散，消失得无影无踪。其他的特工程序吓得落荒而逃。
之后的故事在黑客帝国2：重装上阵中继续发展。
黑客帝国1关于生物的知识
活人在培养树中，通过生产生物电能供给机器生存
活人死后，机器将尸体转化成人体所需的营养物质再输送给新生儿喂食
循环往复，人类靠吃自己的前辈活着，而活着的意义就是供给机器电能
母体世界是虚幻的，人类以一种编码式的灵魂存在，墨菲斯他们运用内含追踪程序的胶囊来找到母体中人在现实中的躯体，然后把编码剪切、粘贴在现实的躯体上，实现人类在现实中的觉醒。
从母体中觉醒的人类脖子后面的插座，原本是连接机器城电池的管线，但人类利用这个插座做出了一种能侵入母体的非法信号线，也就是黑客。
有关生物电供给机器的知识.....估计是无法实现的，毕竟是科幻片么~
黑客帝国3最后史密斯死了怎么会出现先知
史密斯在被尼奥终结后由于悖论（因为在尼奥终结史密斯前是史密斯杀了尼奥，而尼奥的“复活”又是程序设定以外的，所以本应该按程序已死的人反而杀死了杀他的人，这样系统就陷入一个死循环，既编的系统程序无法计算出史密斯被死人终结的结果，于是拒绝删除史密斯）成了一个病毒程序，他感染了先知程序，把先知程序变成了自己病毒程序的一个拷贝——就好像我们现在电脑里的正常文件被病毒感染后转成了病毒的帮凶一样。
尼奥被史密斯复制后获得了史密斯的原始代码，这样系统就可以通过把他们两个一起删除（就是计算为他们两个一起死亡）来结束系统死循环。也就是我们现在的杀毒＋修复Bug，把被感染的程序恢复到原样。于是被感染的先知程序就恢复原样了。
关于黑客帝国
骇客任务是什么？只有一群人数稀少的地下斗士知道，可是却没有人想信他们的说法：未来只是幻觉，现实是最可怕的梦魇。
二十二世纪的电脑骇客尼奥，总觉得世界一切都不对劲，却说不出个所以然来。在梦中、在电脑中常会有个声音跟他说话，让他的生活似梦非梦，也让他混淆真实与梦境的界限。直到有一天，有人告诉他，他身负着重大使命，必须武艺高超，才能将全人类从电脑的牢笼中释放出来。
骇客任务是什么？你无从知道，也无法解释，除非你亲身经历，亲眼目睹……
托马斯·安德森是一个貌似普通的年轻人，但他一直用两种方式生活着。一个身份是在一家体面的软件公司里做程序设计员，和所有普通人一样过着平淡无奇的生活；而另一个身份则是电脑世界里的著名黑客，化名是尼奥。作为一个独自居住的人，他一直在做噩梦，就在这一天晚上，他遇到了改变他生活的事件。
在尼奥遇到崔尼蒂后，他的生活就开始变得诡异起来。当他上班时，他接到一个奇怪的电话，并遇到莫名其妙的追杀。
尼奥和特工史密斯的遭遇就象是一个噩梦一样可怕，尼奥也愿意相信这一切不过只是场噩梦。而另一个著名黑客莫菲斯的电话让尼奥更加疑惑。为了解开这些疑团，他跟随崔尼蒂来到了莫菲斯的房间。
尼奥发现自己在一个无法想象的地方醒来，随后发生的一切都是他无法理解的。
当尼奥再次醒来时，他发现自己在一艘名叫“尼布甲尼撒号”的飞船上。而莫菲斯等人的形象也发生了巨大的变化，他意识到自己和周围的世界和以前不再相同。
尼奥终于知道了自己的身份，他就是莫菲斯口口声声所说的那个“救世主”。当尼奥知道自己再也回不去后，他开始接受自己的命运。
在“尼布甲尼撒号”的船员中，塞弗是一个特工们有联系的线人。因为塞弗对真实生活感到失望，他希望回到矩阵的虚拟生活中去。因此他出卖了莫菲斯等人。
当莫菲斯决定带尼奥去见先知时，塞弗终于找到了机会。他一进入矩阵，就将手机丢入垃圾桶，以便特工追踪他们的行踪。尼奥见到先知后，却没有得到答案，反而对真相更加疑惑。
当尼奥他们回到接头处，因为他发现两只一模一样的黑猫连续走过，大家才发现特工已经设下了埋伏。最后因为塞弗的出卖，莫菲斯为了救出尼奥，毅然牺牲自己让尼奥逃走。
塞弗先回到了飞船，船上的同伴在毫无防备中被他用激光枪击中。于是尼奥的同伴们相继死去，正在千钧一发之机，重伤的坦克用激光枪击毙了塞弗，将尼奥和崔尼蒂从矩阵中救出。尼奥为了救出莫菲斯，决定去做一件以前从来没有人敢去尝试过的事情。
特工斯密斯正在对莫菲斯严刑拷问，正在这时，尼奥和崔尼蒂杀入特工的总部，经过一番恶斗救出了莫菲斯。
在地铁站内，尼奥为了掩护同伴，毅然留下和特工斯密斯展开恶斗。经过一番追逐后，尼奥还是被特工斯密斯乱枪打死。崔尼蒂和莫菲斯都不敢相信这一切。
尼奥再次复活，并真正开始了解矩阵的奥秘。面对可怕的特工，他不再象以前那样逃避，而是用自己的能力就将子弹阻挡在面前，并轻易地消灭了特工斯密斯。
而这一切并非结尾，故事只是刚刚开始。
第二部
假若明天这场战争能够结束？难道不值得为之战斗吗？难道不值得为之牺牲吗？
一切都从“选择”开始。
现在，当人类最后的城市锡安陷入机器军队的包围时，墨菲斯的信念鼓舞了锡安的人们，他们相信“救世主”尼奥将实现先知的预言，结束与机器们的战争。他们把所有的希望都寄托在尼奥的身上。积弱的锡安防守力量根本不足以对抗强大的机甲兵团，尼奥必须和他的战友们一起将敌人彻底消灭。而尼奥在寻找行动的方向时，发现自己陷入令人烦恼的幻觉之中……
“奥西里斯号”飞船在无意间发现成千上万的机器乌贼正在地面集结，并用巨大的机器向地下掘进。船长达里亚斯分析，它们的目的是毁灭位于地下的人类最后的城市——锡安。为了将这个消息送到锡安，“奥西里斯号”飞船展开了最后的绝命飞行。船长达里亚斯的情人乔自告奋勇进入矩阵传送这个紧急信息，同时“奥西里斯号”飞船为了给乔赢得送信的时间，也开始了最后的战斗。虽然最后“奥西里斯号”飞船全体壮烈牺牲，但这个消息终于送达了锡安。
锡安的船长们正在秘密开会，讨论机器乌贼的进攻问题。控制中心确认有25万的机器乌贼将在72小时内攻入锡安，但许多船长并不相信这个情报。莫菲斯带着尼奥和崔尼蒂赶到会议现场，请求其中一个船长帮助他等待先知的消息。
会议被一个神秘客人的消息打断，原来尼奥的老朋友——特工斯密斯死而复生，不再受矩阵的控制，并具有了自我复制的能力。
莫菲斯等人回到人类最后的城市锡安，他们将在这里为飞船充电，以便很快返回矩阵寻找先知。莫菲斯和议长哈曼以及司令官洛克之间为如何防御机器乌贼的进攻展开了激烈的争论。
夜晚，成千上万的锡安居民赶到山洞中的圣殿，莫菲斯发表了震撼人心的演说。
狂欢之后，无法入睡的尼奥和议长哈曼就机器的哲学展开了发人深省的讨论。
尼奥赶到矩阵中和先知会面，而先知的守护者塞拉弗的代码居然闪烁着金光，和绿色的矩阵代码完全不同。经过一番打斗后，塞拉弗确信尼奥就是救世主，带他进入了程序员出入的后门程序。
当先知走后，特工斯密斯在群鸦中现身了。尼奥对此并不惊讶，由于此时的尼奥能力比以前更加强大，众多斯密斯都没有能够将他击败。
为了找到关键人物“钥匙匠”，尼奥他们来到了矩阵中另一个和先知一样古老的程序梅罗文加的地盘。梅罗文加并不愿意将“钥匙匠”拱手送出。
这时梅罗文加的妻子帕塞芬意外地表示愿意帮助莫非斯他们。由于有了帕塞芬的帮助，尼奥他们终于找到了神秘的关键人物“钥匙匠”。
梅罗文加带人赶到，尼奥为了掩护莫非斯和崔尼蒂他们，留下和他们展开了一场恶斗。而梅罗文加手下最邪恶的双子幽灵也追踪莫非斯他们来到了高速公路。在这里，莫非斯、双子幽灵和特工三方进行了一场惊心动魄的搏斗。在最后的关键时刻，尼奥赶到救出了莫非斯和钥匙匠。
钥匙匠向船长们讲述了一个重大的秘密，原来他手里的钥匙可以打开通往矩阵源程序的大门。莫非斯相信这将终结人类和机器之间的战争。
当行动开始后，因为有一艘飞船被机器乌贼击毁，崔尼蒂为了挽救任务，不顾尼奥事前的警告而进入矩阵，切断了电源。
当钥匙匠带领尼奥和莫非斯进入到程序员通道后，阴魂不散而又无处不在的斯密斯出现了。最后钥匙匠牺牲了自己，终于打开了通往源程序的大门。尼奥进入到了这个神秘的地方，见到了矩阵的设计师。
崔尼蒂果然如尼奥梦中一般被特工的子弹击中。但尼奥以神奇的速度飞过矩阵，在半空中接住受伤的崔尼蒂，并用手取出了子弹，以他自身的神奇力量让崔尼蒂复活。
在现实世界中，“尼布甲尼撒号”飞船被机器乌贼击毁，尼奥他们在机器乌贼的追击下仓皇逃命。正在这个时候，尼奥忽然感到事情有些不一样，他在现实世界中也具有了矩阵虚拟世界中的超能力，仅仅用手就阻止了机器乌贼。然后他就昏了过去，留给观众们一个巨大的悬念。
第三部
放弃人类的命运？还是放弃自己的爱人？
救世主尼奥冒着人类最后的地底世界「锡安」被母体摧毁的危险，奋力解救生命垂危的崔妮蒂，但是他也因此由「造物主」那儿得知，人类曾经在与母体的战争中，被毁灭了五次，这次将会是第六次人类世界被母体消灭。同时，锡安的人们面临母体机械大军的入侵，人类也赌上所有武力，发动最后攻势。此外，机器特工史密斯正在变成系统最大的威胁。
如此复杂混乱的局面，先知也无法预言最后的结局。系统本身更是矛盾重重，尼奥只能依靠自己的判断决定人类与机器的命运……
本集故事紧接着上一集的剧情开始了。尼奥在一个虚拟环境中苏醒过来，不知道自己身在何处。而一个小女孩萨蒂告诉他，这是一个归“火车人”管的地方，是独立于矩阵的一个世界。而这个“火车人”则是梅罗文加的手下。
崔尼蒂和莫非斯赶到先知那里，发现先知的外貌已经改变了。先知告诉他们，她为了帮助尼奥，必须要以毁容为代价。先知告诉他们，尼奥现在被困在一个位于矩阵和真实世界中间的地方不能脱身。这个地方归梅罗文加管，如果要救尼奥，就必须要去找他。
尼奥发现自己被困在了地铁站，只能在原地绕圈，根本跑不出这个地方。
莫非斯他们和火车人展开追逐，但火车人很快就摆脱了莫非斯他们。于是莫非斯他们来到了地狱俱乐部找梅罗文加，照例又是一番激烈的枪战后，他们来到了梅罗文加的面前。
尼奥被救出后，发现自己有很多的困惑，于是又找到先知，想知道这些问题的答案。
斯密斯也赶到了先知家中，他感染了所有的人，开始得意地大笑。如果没有人阻止他，斯密斯就将毁灭整个矩阵世界。
所有的人都在为战争做着准备，而一直闭门思考的尼奥终于走了出来。他要一条船前往机器之城，和机器谈判彻底终结战争。所有的人都觉得这个主意很疯狂，因为从来没有人能够到达机器之城。但莫非斯的情人尼俄柏相信尼奥，把自己的船交给了尼奥和崔尼蒂。
在尼奥和崔尼蒂主准备出发时，被特工斯密斯附体的人类拜恩突然袭击了尼奥，将他的眼睛弄瞎了。但这时尼奥忽然发现自己可以不用眼睛就能够看见拜恩，发现了他被斯密斯附体的真相，最后终于杀死了拜恩。
这时机器乌贼已经攻到了锡安，人类和机器在空港展开了残酷的殊死搏斗。人类依靠巨大的机甲战士和乌贼进行着你死我活的战斗，所有的人类都在为自身的生存而战斗着。在最紧急的关头，莫非斯和尼俄柏驾驶飞船及时赶到，用电磁炸弹挽救了即将失败的战局。但是随后更多的机器乌贼赶到，锡安一片混乱，大家都在准备最后的战斗，没有人认为还有幸存的机会。
同时，尼奥和崔尼蒂也在向着机器之城进发。尼奥利用自己的超能力打开了一条血路，在激烈的战斗中，飞船穿越遮蔽了天空的云层，他们第一次见到了光明温暖的太阳。最后他们在付出了惨重的代价后终于达到了机器之城，崔尼蒂也为此付出了生命。尼奥终于和机器开始了谈判，最后以消灭斯密斯为代价达成了和平协议。
在暴雨中的矩阵，尼奥和斯密斯展开了惊天动地的最后决战。他们上天入地，最后终于来到了一切完结的时刻。
机器乌贼从锡安撤离了，战争终于结束了。在矩阵中，先知和建筑师进行了最后的对话，这些悬而又悬的对话似乎为我们揭开了最后的谜底。