黑客帝国结局的只是停战啊。人类都没有被解放。整个故事就是主角打败了史密斯然后人类继续生活在母体里吗
对的，人类依然在母体里，尼欧用跟史密斯病毒同归于尽的条件换取觉醒人类(锡安)的留存。机器人不可能放了全人类的，因为当时开战的时候人类远不是机器的对手就想到了截断机器人的太阳能供应的方法，把天空一直笼罩在厚厚的乌云里，机器人便发明了人类脑电波用作生物电的方法，将人类囚禁在不可计数的营养液器皿中插上管子以作能源。当然，为了迷惑人类，还做了母体这个复杂庞大的系统！
黑客帝国最后史密斯是如何被消灭的？尼奥变成史密斯为什么会暴开，暴开后史密斯怎么就完蛋了？
尼奥选择让史密斯感染自己，在复制过程中矩阵掌握了史密斯的代码，最后才得以将他们两个同时删除，使矩阵回到了平衡。
关于Matrix
Matrix是一个建立在数学基础上的严整系统，一切都是有规律的，包括特工们和尼奥的超能力在内，都是包含在这个系统中的。而尼奥这个“救世主”的产生，则和数学中的哥德尔命题有关。奥地利数学家哥德尔在1931年发表了题为《论数学原理及有关系统的形式不可判定命题》的论文，其中提出这样一个观点，在任何数学系统中，只要其能包含整数的算术，这个系统的相容性就不可能通过几个基础学派所采用的逻辑原理建立。简单地说，就是在任何系统中，总有些真理是游离于逻辑之外的，这些真理就叫做歌德尔命题。
在Matrix中，尼奥就是在Matrix这个严整系统中不能被数学推得的歌德尔命题，不符合系统的规律。（建筑师对尼奥的谈话中涉及部分）当尼奥重生后，他就担负起系统所有的扰动，所有的规则在他面前都变得透明，因此他能够看到系统中别人所看不到的东西。先知叫尼奥回到源头去终止灾难，在数学逻辑中就是将歌德尔命题变成整个系统的一部分，当作系统的一个变量，从而消除整个系统的不确定性。如果尼奥当初选择了毁灭锡安的门，他所携带的代码将反馈给系统，将系统的稳定性提高到一个新阶段。而这个选择的前提则是系统中没有斯密斯这个狂人。但从数学的角度上来说，这样的稳定也是暂时的，不是对系统的彻底修正，新的系统还是会产生自己的歌德尔命题，从而继续这个轮回。这就是为什么在尼奥之前会有六任救世主的原因。
按照建筑师最初编写救世主时的任务，救世主的使命就是在锡安运行一段时间后，将锡安的代码带回到Matrix的源程序进行重装，同时机器摧毁锡安，完成Matrix系统的升级。之后救世主将按照初始设置，带领16女7男返回真实世界，再开始重建锡安，等待下一代的救世主。而尼奥与前任们不同的是，建筑师在他的意识中编写了关于爱的编码，这本来是系统处于不断升级的需要，也是考察人类反应的新实验。但这个关于爱的编码，不但导致了尼奥在第二集中做出违背程序设置的选择，而且在第三集中将“爱情”升华为“博爱”，从而最后终结了战争，终止了矩阵和锡安之间的循环。
特工史密斯
电影中的特工史密斯实际上就是矩阵这个程序世界中的杀毒程序，他们在矩阵中是没有身体的，由于他们是杀毒程序，所以他们被矩阵赋予了超越常人的能力。在矩阵中他们具有改写人类角色程序的能力，所以可以不断借用他人身体。
（史密斯和尼奥、莫非斯打斗场景）
尼奥最后可以战胜特工，实际上是因为他复活后具有了识别矩阵代码的能力，并可以轻松改写这些代码，所以特工就不能再利用超能力战胜他了。
（尼奥复活后场景）
特工史密斯被尼奥消灭后，因为在他被尼奥消灭前明明是他先杀死了尼奥，所以这就导致了一个逻辑错误。因为这种程序上的逻辑运算错误，导致了特工史密斯不但拒绝被系统删除，而且由杀毒程序变成了病毒，最后危害到了整个矩阵世界。
因为这个逻辑错误是由尼奥导致的，所以特工史密斯就变成了和尼奥相对的负极。最后尼奥选择了让史密斯感染自己，在复制过程中矩阵掌握了史密斯的代码，最后才得以将他们两个同时删除，使矩阵回到了平衡。
黑客帝国三的结局是什么意思？为何尼欧突然就打赢了史密斯了？
第三部结尾，最后阶段史密斯进入到尼奥的身体，用自己覆盖了尼奥，以为消灭了尼奥取得了最终的胜利。可惜高兴不到3秒，尼奥.史密斯先生就自爆了。为何？原因是就我上面想要表达的，史密斯因尼奥存在而存在，现在1没有了，自然就不会有-1了。因此史密斯的死，依然是母体再平衡机制的结果。母体之所以之前无法消灭史密斯其原因与母体无法消灭尼奥是一样的，那就是他们都是母体不完美等式的产物，是自发的、原生的、难以调和的矛盾。由尼奥生--史密斯生到尼奥死--史密斯死的因果过程也与本片的台词“everything that has a beginning has an end 任何事情有开始就有结束”起到遥相呼应的效果。
黑客帝国3最后那点史密斯到底怎么死的？ 还有那个祭师到底怎么样了，怎么最后又活了？
史密斯是被删除了程序而死的，而祭师是程序复活而活的。
史密斯之死
黑客帝国3中，尼奥最后到达机器城市，在和机器达成和平的协议时，机器问他：如果你失败了怎么办？
尼奥回答：我不会失败！
因为尼奥和史密斯是互相关联的程序。
尼奥从人类代码到救世主代码的释放，导致了史密斯程序的变异，也最终导致机器要将其删除和其脱离矩阵的控制。
但是史密斯可以复制自己，他复制了上万甚至上百万个自己，所以机器矩阵无法定位他，也无法摧毁他。
如果尼奥在矩阵中被杀，那么史密斯也会连带毁灭。
反之如果史密斯被杀，尼奥也会毁灭。
所以，在史密斯和尼奥的对决中，不管尼奥杀死史密斯，或者史密斯杀死尼奥，他们二者都会被摧毁。
而史密斯也预计到了这点，他依然用老办法，把尼奥复制成为自己，他认为这样就可以控制住尼奥。
可惜，他没有想到尼奥居然到达了机器城市，并且是由机器亲自接入了矩阵。
他复制了自己到尼奥的身上，也就给了机器定位并且清除他的最好机会。
所以，随着尼奥的自爆，无数史密斯随之也被消灭。
3 总结一下就是 尼奥自己是连在机器之主上的，再被史密斯感染后，机器之主就获得了史密斯的代码，所以史密斯就被删除掉了，尼奥也随之被删除了。
至于祭师，她的地位跟机器老大（就是矩阵里的白胡子大叔）一样，所以她被删除后有恢复了！
《黑客帝国》三大结局解析是什么？
《黑客帝国》三大结局解析是；
揭示了机器人已经不仅仅再是没有情感的程序，这一家人和先知一样已经理解了什么是爱，就是愿意为对方付出一切。
所以即便这位父亲知道当矩阵完成升级后自己也将会成为非法程序被删除，他却没有和其他非法程序一样选择逃避，而是和妻子尽可能地保住自己的女儿。
所以被注入了爱的尼奥在最终的代码之源做出了和其他救世主不同的选择，就是因为给尼奥注入的程序里有“爱”。