关于黑客帝国的问题
结尾是尼奥和机器之母达成和平协议，
但还留有悬念，就是和平协议能否真正遵守以及可以维持多长的时间，仍是未知数。这就为拍摄续集埋下了伏笔。
楼主说的很有道理，就是这个意思。
史密斯本来是杀毒软件，可是由于他一直想脱离系统（第一集里他自己亲口说的），为了杀毒以及脱离系统，他不断复制和升级自我，不仅对人类（病毒）而且对系统也造成极大的威胁，如果任其发展，最终系统和人类将完全毁灭，于是双方达成协议，联手消灭史密斯，从而维持整个系统的稳定以及人类的生存。
如果楼主还不明白，可以到百度“黑客帝国”贴吧看看，那里应该有很多楼主想得到的答案。
其实，偶对楼主是相当佩服地，偶看了好几遍都没完全看懂，最后还是借助网上的资料才搞明白，楼主看一遍就猜出了大概，厉害！！！
谁能给个《黑客帝国》完整解密的答复
了解了背景就了解了黑客帝国
故事发生在22世纪末，人类也不知道具体的年代。人类已经成为历史，地球由机器统治。
21世纪中叶人类发明人工智慧，可以思考的程序，在随后的几十年迅速发展。也不知道是人类还是机器挑起了战争，不过可以确定的是人类为了消灭机器烧焦了天空，从此地整个球被一层黑云笼罩着。地球不再有阳光，人类自认为机器没有了阳光很快就完蛋了（当时地球的主要能源是太阳能，其他的资源都消耗完了），而人类依靠有机物可以度过这几百年，使人类不会被机器杀死导致真个人类灭绝。但是结果人类想错了，没有了阳光地球唯一的能源就是有机物。在人类和机器战争的开始，机器就在秘密研究和解剖人体，最终机器发现人类的生命活动可以释放大量的电能，于是机器利用人类发明了有机电厂，利用活体人类发电
整个地球所有的人类都被放到一个电厂里，全身上下被插上无数个管子，插管主要分3部分，1：连接大脑。2：胃管 3：发电管
第一部分是截取大脑和身体的中枢神经，使人脑连接到一个网络里，这个网络是虚拟的网络，叫做 The Matrix ，翻译成中文就是 黑客帝国。其实Matrix意思是母体，子宫的意思，可能翻译成黑客帝国更和电影的意思，或者The Matrix 这里就有黑客帝国的意思
电厂中所有的人类大脑后面都被插入了一个插槽， 接入这个网络，由于人类是智能动物，这个网络里的一切都是程序。当人类发展到某个阶段，必定发现这个世界不对劲，开始怀疑，由于机器程序无法彻底模拟显示世界，人类慢慢的和机器不兼容，最后导致整个黑客帝国崩溃。人类全体死亡。电厂被迫关闭。
后来机器开发了一个新程序，叫做先知，这个程序用来研究人类的心理。找到了一个电厂不崩溃的方法，就是救世主升级。机器先找一个和人类感情好，又非常聪明的人做救世主，然后让他携带几十个男人和几十个女人离开电厂，建立一个国家。由于地球被黑云笼罩，除了电厂里有生命，其他地方没有有机生命了，地面也被机器统治，人类被迫躲进距离地心很近的地方，建立一个国家叫做 锡安。救世主带领这些被解救的人，通过黑客技术，进入到电厂的虚拟网络里，在解救其他人，这样壮大人类世界，老的救世主死了，新的救世主就快诞生了，当新的救世主达到一定程度的时候，就来到系统的源头，也就是黑客帝国的设计师那里，最后救世主和他对话，设计师告诉了救世主真相，人类被解放只是为了维持系统的稳定，方法是这样
第一步，人类在黑客帝国系统找到适合的人选做救世主，救世主通过不断解救人类以及与特工战斗学习很多知识提升自身的能力。
第二部，在先知的指导下和设计师见面。
第三步，设计师告诉救世主实情，并把电厂以外的全部人类杀死，然后让救世主重新插回电厂，利用他所携带的代码（也就是他自己学到的知识）给整个黑客帝国升级，
第四步，救世主在电厂中选几十个男童和女童回到现实世界，从新建立锡安。
如此循环，第三步中，如果救世主不愿意把自己给系统升级，最后的结果是，电厂瘫痪，电厂里的人全死了，电厂外的人全被机器杀了，最后人类在地球上就消亡了，救世主没有选择，只能听机器的安排，这样循环下去
我们看到的这个影片中的救世主是第六代救世主，也是最后一代，具体是如何终止循环的，并且人类也没有灭绝，多看几遍就明白的了
黑客帝国到底表达了什么意思啊？
要回答这个问题首先要谈论下黑帝的世界观，黑帝的世界观是这样的：正常发展的世界我称之为世界A，在A世界21世纪末的某一天，人类发明了AI（人工智能），并且像大多数科幻片一样，AI拥有了自己的意识，于是，他们开始统治人类，在2299年之前（可能很靠前，也就是说并不靠近2099年）的某一天，人类为了对抗AI，决定放弃机械化，人类制造了一片阴云，遮蔽了太阳，失去了太阳这一主要能源，然而，残余的还能活动的机器人意识到（他们拥有自己的思想）一个问题，那就是人体发电，人体可以代替很多的能源产生大量的能量（ATP），于是，他们囚禁了人类（在第一部里有说明，把人类的胚胎当成庄稼），而少数逃离苦海的人们就组建了地下城市锡兰，与此同时，机械方面的首脑利用庞大的程序创造了一个“母体”，这个世界我们命名为B，但是，问题在于，机械方面并不能完美控制这个母体而他们又不知道（或许知道但是根据后边的剧情发展，认为机械方面不知道更合理），他们只是在里边安装了几个“杀毒程序”（就是特警，带黑墨镜穿西服的人），而最重点的地方也就是很多人都看不懂的地方在于A与B重合了，并不是平行世界，而是真真正正的重合了，就有了未来创造过去的感觉，在影片后期经常会有他们躺在椅子上往头上插管子进入母体的情景，实际上他们进入的是世界B，因为两个世界重合，所以他们也是进入了世界A，并且他们之所以能进到母体（世界A）是因为他们可以在脑袋后边插管子，而出生在锡兰的人（比如坦克和法兰）脑袋上不能插管子，所以他们不能进入母体只能在外边操作换言之那些人之所以能回到世界A，是因为他们本来就属于世界A，从这一点未来人布恩那个回到过去还是很合理的，而关于那些能变脸的特警，由于他们管理的是世界B，并且世界重合，所以他们能通过世界A的人变脸
如果题主问的是故事情节，那就是尼奥身为救世主为人类而战的故事，其实看懂世界观之后故事情节还是很好理解的，如果题主问的是这部电影的主题的话，那就是“为自由而战”
黑客帝国第三部
1.我们知道NEO是一个余数，他导致了MATRIX内部的不平衡，MATRIX内部的防御机制失效了以后（就是smith他们这些“杀毒软件”），先知说过，smith是“NEO的相反面，系统的平衡，方程式的解（一元二次方程的两个解呵呵）”，而且smith以前是杀软，不是system权限也是administrator权限了，所以smith会变强
2.锡安（ZION）是一个由救出来的人类创建的一座地底城市。
3.有的，可是因为smith脱离控制了以后（smith本社就是防御系统嘛），权限太高，反而被smith给搅和了
4.你指的是结局吗？NEO没有听从MATRIX创造者的建议（那个建议其实是“另一种控制”）而去找机器王谈判，他去消灭smith而让机器与锡安和平共处。最后NEO死了，消灭了smith，而人类获救，逃出了反复轮回的命运。
还有什么不懂的可以继续补充
最近重温了黑客帝国三部曲。。一直存在一个疑惑。。尼奥在现实世界为什么也有超能力。。
我也是在看到他爆了乌贼，才觉得锡安其实是母体创造的另外一个世界，这个世界的人自主意识强，而在母体里面存活的那些睡觉的人，自主意识没那么强，锡安的人想救睡觉的人，这也是母体安排的吧，而尼奥是唯一感觉到锡安也是虚幻世界的人吧。但是他最后还是救了锡安的人，这是为什么，他的本体又在哪里呢？真实的世界有是什么样子呢。黑客帝国这么拍的话，可以拍一个连续剧我估计
黑客帝国没看懂 有看懂的给说说吧
原创回答：
答案比较长，不知道楼主有没有这个耐心。
黑客帝国发生在22世纪末的时候，所以也有翻译“22世纪杀人网络”。
在那个时候，机器人的发达，使得它想代替人类，于是终于发生了一场大站。人们以为那些靠太阳能支持的机器，只要没了阳光就完了，于是用核武遮蔽了天空。可是遗憾的是，机器很快找到了新的能源的来源——人类。
第一集中，墨菲斯向尼奥讲述过这个问题，人体每时每刻都在制造生物电，于是机器就想办法把人当作电池来使用。这也是为什么第一集里，尼奥坐进崔妮蒂的车的时候，前排副驾驶位置上的(那个白头发女的叫什么来着？)转身拿枪对着他，命令他脱掉衬衫，还叫他copper head(中文字幕没翻译这个词，或者翻译得更直接)，copper head在美国英语中，是“金霸王”电池的外号。这时候的尼奥还接驳在母体(the matrix)中，也就是说，他正在为母体供电呢。
为了让人一辈子给它们做电池，母体给他们的大脑中传输幻像，好象自己在学习、工作、生活，但实际上，他们接收到的所有信息都是电脑干扰大脑神经而获得的，并没有真正吃到什么、喝到什么以及干什么。他们所经历的，都是电脑告诉他们的内容。
而墨菲斯他们都是被解放出来的人类，当然，核武战争之后，还有少部分人类转入地下生活，在很深的地底靠近地核的地方，温度还是比较高的，人们可以在那里生活，那里就成了他们的锡安。墨菲斯他们又在不断的解放被“养殖”的人类，一来扩大自己的力量，二来寻找墨菲斯深信的“救世主”。
再来解释一下母体控制人的方式，说到底，其实就是给他们营造一个虚拟的世界，就像是现下很流行的网络游戏一样，每个人在这游戏世界中担任一个角色，按游戏给你设定的规则，在里面“生活”。
而被救出来的人类，就可以通过一些方式黑到网游中去，就象我们玩网游的时候用外挂一样。因此游戏里面有网管，可以随便把人踢走、删号；母体里面有探员，可以随便把人杀掉。而这些探员可以象网管一样，爱用哪个帐号登录就用哪个帐号登录，探员可以负在任何人的身体上执行任务。
解释这么些，楼主该清楚黑客帝国是什么意思了吧。
黑客帝国的男主角最后是不是死了，还有黑客帝国到底说了什么？
讲的 就是 电脑高科技统领了人类``（人类不断开发电脑，最后导致电脑比人类聪明，）
然后就是电脑（机器人）不断侵领人类的领地，男主角本来是在虚拟世界生活.就是电脑制造的虚拟地方 来养人类的，然后男主角就给带到了现实 去 跟电脑作战。。大概就是这样 ！